劇場版『名探偵コナン 黒鉄の魚影（サブマリン）』公開記念！
新一と蘭は遊園地トロピカルランドでデート中に事件に巻き込まれる。2人がジェットコースターに乗っている最中に殺人事件が発生。容疑者の乗客7人の中には黒ずくめの組織のジン、ウォッカの姿も。新一は犯人と殺害トリックを見破って事件を解決するが…。
コナンは蘭、哀と共に銭湯にやってくるが、男湯で転倒して気を失ってしまう。そんなコナンを病院へ運ぶと言って車で連れ去る怪しい男2人。それは裏の世界で有名なアドリブのタツと伝説の殺し屋・コンドウだった。
銀行の裏口で現金輸送車の襲撃事件に出くわしたコナンは、ターボエンジン付きスケボーで犯人を追跡するが見失う。単なる強盗事件として捜査が開始されたが、犯人の一味と思われるガードマンと元レーサーが殺され、遺留品の口紅から銀行窓口のお姉さんに容疑がかかる。この事件にはもっと裏があると見抜いたコナンだが…。
コナンのクラスに灰原哀という名の奇妙な少女が転校してきた。クールな態度で歩美たちをあしらう哀だが、コナンだけには興味を示す。少年探偵団に依頼された事件の調査に哀を誘い、コナンと一緒に同級生の俊也の兄を救い出し、事件を解決する。その復路、哀を家まで送る途中でコナンは思いもかけない言葉を哀の口から聞く。
黒ずくめの組織の夢を見た哀はコナンに、子供を演じ続けろと忠告される。その直後、組織のメンバーの車を発見し、組織の暗殺計画を知る。コナンは暗殺が予定されているホテルに一人で乗り込む決意をする…。
コナンと阿笠博士、少年探偵団の子供たちはスキー旅行に行くため、路線バスに乗っていた。途中で新出先生と帝丹高校のジョディ先生が乗り込んできた時、なぜか哀はおびえ出し、身を隠そうとする。哀は黒ずくめの組織のメンバーの強烈なオーラを感じていたのだ。だが、コナンたちを乗せたバスは二人組に乗っ取られる…。
コナン、元太、光彦、歩美、哀は阿笠博士の車で群馬のキャンプ場にやってくる。元太と光彦、歩美、哀は焚き木を拾いに行く。その時、元太たちは男が女性の遺体を埋めている現場を目撃。元太たちは犯人に気付かれ、慌てて近くの山小屋へと逃げ込む。警察は女性の遺体を発見し、コナンは元太たちが事件に巻き込まれたと知る。
コナンたちは行き先が謎のベルツリー急行に乗車。コナンは探偵役に選ばれたというカードに気付く。カードには７号車B室で起きる事件を捜査しろと書かれていた。７号車B室を覗き込むと、フードを被った男が銃を室橋に発砲する。この後、推理クイズはまだ発表前と判明。コナンは現実の事件と判断して７号車B室へ戻るが…。
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