蘭のスマホに妃英理からメッセージアプリで連絡がくる。内容は「悪い奴らに捕まっている」というものだった。2時間前、英理は男3人組に拉致されて廃ビルに連れていかれる。英理は男の1人からスマホを奪って逃げ、ロッカーの中から蘭に助けを求めたのだ。コナンたちは英理を探し出そうとするが…。
コナンたちは東京にやってきた平次、和葉とともに世界最大級のコンクパール「妖精の唇」（フェアリーリップ）が展示されている博物館にやってくる。怪盗キッドがこの宝石を狙っているらしい。鈴木次郎吉のキッドへの挑戦状には「その宝石は全方向から速やかに見ていただける準備をしています」と書かれており……。
コナン、小五郎、安室、そして“いろは寿司”の職人・脇田は、特急あずさで長野に向かっていた。今回の依頼人からの依頼内容は「旧友が長野の山奥の潰れた教会で首を吊って亡くなった。暗号を解読して真相を教えてほしい」というものだった。四人が到着した廃教会の礼拝堂には依頼人の同級生である五人の人物がおり……。
夜の警視庁警察学校。桜が舞い散る中、敷地内では降谷零と松田陣平が殴り合う音が響いていた。松田は警察学校にいるにもかかわらず「どうしても警察官になりたい」という降谷が気に入らないという。二人の争いは一歩も引かずに続いた。夜中の2時、諸伏景光が悪夢で飛び起きると、ドアをノックする音がする。そこには傷だらけの降谷の姿があった。降谷の様子を見ていた諸伏は「その相手とは仲良くやっていけそうか？」と質問するのだった。朝礼の際、傷だらけになっている降谷と松田の横には、同期の諸伏、萩原研二、伊達航が並んでいた。初任科鬼塚教場教官・鬼塚八蔵は、二人の傷の理由を問うが伊達が機転を利かせて嘘を付く。警察が嫌いだという割に、警察官の心得についてはしっかりと答えることができる松田の姿に疑問を持った降谷は、彼の過去について調べ始める。
逮捕術の授業で戦った降谷と伊達。伊達が勝利し、負けた降谷に「なぜ自身の弱点を突かなかったのか？」「誰よりも強くなければ、正義は遂行できない」といった言葉を投げかける。その夜、降谷は一人ベッドで伊達の言葉について考えていた。そんな降谷の部屋に、外出するという諸伏がやってくる。「買ってきて欲しいものはないか？」という言葉に「特にない」と返した降谷だったが、しばらくして歯磨き粉が切れていることを思い出す。お願いしようと部屋を出るが、すでに諸伏、萩原、松田の姿はなく一人でコンビニに行くことにする。降谷が外に出ると、そこには伊達の姿があり、父との過去の出来事を語りだした……。
警察学校で「RX-7FD3S」を発見した萩原、降谷、伊達、松田、諸伏。萩原の好きな車種だったようで、車から出てきた鬼塚教官を圧倒するほど熱弁する。しかし、これは鬼塚の持ち物ではなく殉職したある先輩刑事の愛車。先輩の娘が刑事を目指しており、それまで預かっているものだった。その後の重装備訓練では、先ほどの萩原の様子について話題になる。萩原の実家は車の修理工場をしていたため、車に詳しかったらしい。しかし工場は潰れてしまい「警察は絶対に倒産しない」という理由で警察官を目指したと語る。重装備訓練終了後、萩原と松田に声をかけてくる男がおり……。
降谷、萩原、伊達、松田が止めるのを振り切り、諸伏は炎に包まれた家の階段を駆け上っていく――！話は三時間前にさかのぼる。五人は鬼塚教官に捕まり派手な行動の数々に対して咎めを受け、風呂掃除を命じられていた。その最中に昨夜捜索願が出された女の子の情報を目にする。女の子を町で見かけたことのあった諸伏は写真を貰っていた。掃除中もその話題になったが、諸伏は何故か話をはぐらかそうとする。
部屋で身支度を整えていた降谷のもとに、出かけるという諸伏がやってくる。二人が話していると松田も合流し、そのままコンビニに出かけることになった。大切な式の前だというのに、のんびりと過ごす三人を萩原と伊達は呆れ顔で出迎える。降谷、松田、萩原、伊達、諸伏が過ごした警視庁警察学校の初任科課程は今日、多くの想い出とともに卒業式を迎えた。五人はそれぞれの明日へと歩き出す。
©青山剛昌・新井隆広／小学館・読売テレビ・TMS2021
©青山剛昌／小学館・読売テレビ・TMS 1996
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